Wissenschaftliche Expertise

Generell arbeiten wir an bioinformatischen Datenanalysen und Datenintegration, um eine systemische Sichtweise von natürlichen Organismen in ihrem natürlichen Umfeld zu gewinnen. Hierzu prozessieren und kombinieren wir Daten, die mit Hochdurchsatzmethoden wie „second and third generation sequencing“ und durch Massenspektrometrie gewonnen wurden.

Zurzeit fokussieren wir uns zum einen auf RNA-seq Datenanalysen, um bestimmte RNA-Spezies und deren Interaktionen mit anderen RNAs oder Proteinen zu detektieren und quantifizieren. Während einige unserer Projekte gezielt darauf arbeiten, um Ribo-Regulationsmechanismen in pathogenen Bakterien aufzuklären, unterstützen wir in vielfältiger Weise Genomanalysen von anderen Forschungsgruppen, die sich auf andere Spezies und bzw. Domänen des Lebens spezialisiert haben.

Unter anderem beschäftigen wir uns mit dem Aufbau und der Entwicklung von maßgeschneiderten bioinformatischen Analyse-Pipelines von Hochdurchsatzsequenzierungsexperimenten, beispielsweise im Rahmen von verschiedenartigen, z.B. mikrobiellen oder neurogenetischen Projekten und den Initiativen des Comprehensive Cancer Centers (CCC) Mainfranken.

Das aktuelle Methodenspektrum umfasst Variantencalling und Vergleiche von Tumor und Normalgewebe bei Panel-, Exom- und Genomsequenzierung, Bisulfitsequenzierung (DNA-Methylierungsanalyse), Transkriptom-Sequenzierung (mRNA, lnRNA, miRNAs) sowie Einzelzell-RNA-Sequenzierung. Weitere Anwendungen im Bereich Proteomik und Metabolomik können zunächst im Rahmen von Pilotprojekten bereitgestellt werden.
Ein weiterer Teil unserer Arbeiten besteht in der Entwicklung von neuen Methoden und der Anwendung in systembiologischen Fragestellungen, krankheitsorientierter Forschung (z.B. metabolische und immunologische Erkrankungen) und translationaler Forschung (Entwicklung und präklinisches Monitoring von pharmakologischen Behandlungen und Entwicklung von präventiven Maßnahmen (z.B. Ernährungsinterventionen).

Zudem beschäftigen wir uns in enger Kollaboration mit experimentell orientierten Partnern mit der Entwicklung von (open source) bioinformatischen Tools sowie engagieren uns in der Unterstützung im Design von Hochdurchsatzexperimenten, bei der Datenvisualisierung und der Lehre von Computer-basierten Methoden in der Biologie.